La historia de La Almunia de Doña Godina como población comienza en el siglo XII, cuando una rica propietaria de la población medieval de Cabañas, Doña Godo de Foces, conocida popularmente como Doña Godina, donó una almunia o huerta a la orden de San Juan de Jerusalén para que instalasen en ella su hospital. Uno de los principales propietarios de esa almunia era Blasco Blázquez, segundo marido de Goda de Foces. Blasco Blázquez hizo entrega de sus tierras y bienes, con la reserva del usufructo vitalicio a favor de su viuda, a la Orden de los Hospitalarios de San Juan de Jerusalén. En 1176 doña Godina, ya muerto Blasco Blázquez, firmaba un documento concediendo a la iglesia de Santa María y San Juan, en La Almunia, unas casas en la misma localidad y un molino en el término de Ricla, para el culto y la iluminación de la iglesia. Poco tiempo después, La Almunia pasó a la Orden de San Juan, cuyo castellán de Amposta, Pedro López de Luna, la organizó mediante carta de población del año 1178.
Es pues en la época medieval cuando la villa surge como tal y, por tanto, de esta época se conservan importantes monumentos. Comenzamos por Cabañas, cuya ermita es el único vestigio que queda en pie de la población medieval que fue el antecedente de La Almunia. Cabañas fue perdiendo su posición frente a La Almunia hasta desaparecer definitivamente en el siglo XV. La iglesia, hoy ermita, data de mediados del siglo XII y es de estilo románico, levantada en mampostería y piedra sillar. Lo más valioso del templo aguarda en el interior: su colección de pinturas murales góticas, fechadas en los siglos XIII y XIV, tienen un gran valor por su diversidad temática y estilística. Además, el templo guarda otros dos tesoros en su pequeño espacio: una pila bautismal románica, que conserva en su base dos cabezas incrustadas de origen celtibérico; y el coro de estilo mudéjar, levantado sobre un alfarje adornado con pinturas de caballeros, escudos, animales y decoración diversa.
En el centro de la población también existen monumentos medievales de sumo interés. El primero de ellos es el que más destaca en el urbanismo local: la torre mudéjar, una de las más bellas de Aragón, declarada como Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO. Tiene más de 40 metros de altura y está edificada con la técnica musulmana de levantar dos torres, una en el interior y otra que la recubre, quedando entre ambas las escaleras. Sus filigranas de ladrillo y azulejo adornan los diversos cuerpos del monumento que corresponderían a épocas de construcción diferentes.
El otro monumento fundamental en el urbanismo medieval almuniense es el Palacio de San Juan, antiguo hospital de la orden de San Juan de Jerusalén hoy convertido en Escuela Municipal de Música y Artes. Se trata de un edificio de mampostería en la planta baja, planta noble y superior, con puerta de piedra sillar en arco apuntado. Siglos después se transformó la parte alta, edificándose en tapial y ladrillo. Se conservan los salones de la planta baja y, adosado al edificio principal, el antiguo hospital de la orden: una nave con tres arcos diafragma apuntados, la cual debía estar cubierta por una techumbre de madera, que hoy se utiliza como pequeño salón de actos.
Si bien todo el casco histórico de La Almunia conserva su trazado medieval, merece destacarse el barrio de la Judería, que estuvo cercado por un muro cuyos límites estaban entre las actuales calles del Rosario, San Juan, Adobares, Cantarranas y Barrio Verde. Se han conservado los nombres de las calles originales: Barrio Curto, Terrero y Aceña, además de algunos rincones que, pese al paso de los siglos, mantienen su esencia en rincones, callejas sin salida y estrechos callizos.
